Il Parco, ospita comparti territoriali omogenei, autentici gioielli naturalistici e paesaggistici.
Le aree di interesse naturalistico sottoposte a regime di tutela portano il segno dell'attività vulcanica, in molti casi ancora ben visibile. Tale preponderante fenomeno ha conferito allarea una serie di caratteristiche del tutto peculiari.
Le aree costiere offrono paesaggi diversificati. Sul versante incluso tra Posillipo e Capo Miseno, la costa si presenta frastagliata e caratterizzata da brusche scogliere a picco sul mare, intervallate da insenature in cui si aprono splendide baie e porticcioli mentre il versante di Cuma è contraddistinto da una lunghissima spiaggia che si estende verso nord, in direzione di Gaeta.
Rispetto alla costa altrettanto interessante è la fascia interna, quella non espressamente coltivata, caratterizzata da rilievi (talvolta piuttosto erti), paludi e laghi, che, intervallati tra loro, hanno creato un suggestivo ecosistema considerato di particolare interesse dai biologi per peculiari caratteristiche, quindi oggetto in questi ultimi tempi di un'intensa opera di difesa.
Sin dall'antichità, infatti, oltre che per i ben otto laghi che occupavano la caldera d'antichi crateri spenti, il territorio flegreo era noto per le sue immense foreste costiere, oggi ridotte a pochi ettari. Inquietanti per la loro impenetrabilità erano i boschi sul Lago d'Averno e la cosiddetta "Silva Gallinaria", un fitto lecceto che prendeva il nome dalla presenza di Gallinelle d'acqua che nidificavano abbondanti negli acquitrini a nord di Cuma.